Emacsを終了したいことって滅多にないし、C-x C-cってわりと誤爆しやすいと思うんですよねー。
(defun my-kill-emacs () (interactive) (when (y-or-n-p "really kill emacs") (save-buffers-kill-terminal))) (global-set-key (kbd "C-x C-c") 'my-kill-emacs)
追記
(setq confirm-kill-emacs 'y-or-n-p)
でよかったらしい。 https://twitter.com/#!/sakito/status/158495289026686977